Badając wzajemne oddziaływanie Kościoła, chrześcijaństwa oraz nauki nowożytnej musimy być świadomi długiej, bo trwającej przeszło sto lat, debaty naukowej o relacjach między religią a nauką. Jej cechą charakterystyczną jest bardzo znacząca ewolucja myślenia historyków i socjologów na ten temat. W ostatniej ćwiartce XIX wieku została sformułowana teza o permanentnej wojnie religii z nauką. Metafora wojenna szybko zyskała rozgłos i bardzo długo była żywa oraz akceptowana, choć z rosnącymi zastrzeżeniami. Stosunkowo szybko po jej sformułowaniu, bo już od początku XX wieku pojawił się jednak inny nurt myślenia. Kolejni uczeni dowodzili, że chrześcijaństwo, teologia, metafizyka chrześcijańska oraz Kościół były czynnikami, które przyczyniły się do powstania nauki nowożytnej. Oba nurty myślenia współistniały, ale czas grał na niekorzyść pierwszego, bo historia nauki krzepła jako dyscyplina akademicka i rosnący materiał historyczny czynił militarny schemat historiograficzny coraz mniej adekwatnym w analizie konkretnych przypadków. Wynikało z nich bowiem, że w okresie drugiego tysiąclecia typowa była nie walka, ale różnorakie wzajemne oddziaływania i stymulacje nauki i religii. Ten stan rzeczy doprowadził w końcu do przełomu w podejściu do całego problemu. W latach osiemdziesiątych XX wieku został wypracowany i zaproponowany nowy model opisu historycznych relacji nauki i religii, zwany zasadą bogatej złożoności i wzajemnych uwarunkowań. Stał się on szybko obowiązującym paradygmatem opisu tych relacji.